苏轼，字子瞻，眉州眉山人。眉州眉山，如今的四川省眉山市。他十岁的时候，父亲苏洵在全国各地游学，母亲程氏亲自为苏轼授课。程氏是富翁程文应之女，是读过书的知识女性，她对历史兴衰、古今成败，都能够说出重要的观点出来。程氏阅读后汉书《范滂传》时，叹息了良久，在身边的苏轼说：“我如果成为范滂，母亲会同意我吗?”程氏说：“你能成为范滂，我为什么不能成为范滂的母亲?”这段对话，说明苏轼从小立志成为像范滂那样不畏奸佞、反贪治腐的清官。我们来了解一下范滂是什么样的人。范滂是东汉名士，与郭林宗、宗慈、巴肃、夏馥、尹勋、蔡衍、羊陟并称为“八顾”，又与刘表、陈翔、孔昱、范康、檀敷、张俭、岑晊并称为“江夏八俊”。“顾”是以德行引导他人的道德模范。“俊”是指在同一个时代有才华与声望的人。范滂任职过光禄主事、郡功曹职务。母亲程氏希望苏轼成为像范滂一样不畏权贵、敢于肃贪反腐的清官，苏轼从小立志学范滂。
苏轼成年后，他博通经史，写文章每天能写几千字。特别喜欢长沙王太傅贾谊、唐宰相陆贽的文章。苏轼阅读《庄子》一书，叹息地说：“我以前有过书中这样的想法，但是口中表述不出来，现在阅读了庄子的书，深得我心。”嘉祐二年，翰林学士欧阳修主管科举考试，苏轼参加礼部的科举考试。当时的知识分子崇尚险怪奇涩的文风，并且称这种文风为“太学体”。欧阳修痛恨与排斥这种文风，想要改革这种状况。当他看到苏轼的试卷，阅读了苏轼的文章《刑赏忠厚论》非常惊喜，完全不是险怪奇涩的文风，有清新脱俗之感，欧阳修想要把苏轼评为第一名，但又怀疑是自己的学生曾巩所写，于是把苏轼的文章评为第二名。苏轼又以春秋对义获得了第一名，在殿试中，考中了乙科。后来，苏轼向欧阳修写书信表示感谢，欧阳修对梅尧臣说：“我当避开此人，好让他出人头地。”听说这句话的人一开始只当是欧阳修的戏言而不信，后来才终于信服。
现在来谈一下苏轼所处时代的科举制度。宋朝建国后传承唐朝的科举制度，称之为“贡举”，最重要的是进士考试、制科考试，其次才是三学选补。宋朝的选拔人才的科目，有进士，有诸科，有武举。经常性选拔人才的考试之外，还有制科，还有童子考试，而进士考试得人才比较多。宋神宗主政后，停止诸科考试，而且分经义、诗赋两类别录取进士。宋仁宗当皇帝后，命令各郡县建立学校。当初，礼部举行的科举考试，设进士科、《九经》科、《五经》科、《开元礼》科、《三史》科、《三礼》科、《三传》科、学究科、明经科、明法科等科目考试。都是秋季选送士子应进士第，然后于冬季在京城礼部集合，春季进行考试。成绩合格的考生，列名放榜于尚书省。凡是进士科考试，要考试诗一首，赋一篇，论文一篇，策五道，贴《论语》十贴，对《春秋》或《礼记》笔答经义十条。所以，进士考试能合格的，都是当时的佼佼者。成绩合格成为进士的士子，正式录用为宋朝公务员，初任职务为低级官员。
嘉祐五年八月，朝廷任命眉州进士苏洵为试校书郎一职。校书郎是秘书省的属官，职责是掌校雠典籍，订正讹误，相当于皇家编辑部编辑。苏洵二十七岁时，才开始发奋读书，属于大器晚成之类人物。他参加进士科考试，考茂才异等，没有及格为进士，他焚烧了以前所写作的文章，关门闭户努力读书，熟悉了《六经》、诸子百家学说。做到读书破万卷，下笔如有神。他只要写文章，能迅速地洋洋洒洒写上几千字。他在至和、嘉祐年间，与大儿子苏轼、小儿子苏辙到了京师汴京。汴京就是现在的河南省开封地区。翰林学士欧阳修向上递交苏洵所写的《权门》、《衡论》、《机策》二十二篇文章，宰相韩琦阅读后很欣赏苏洵。韩琦让苏洵去应试舍人院，但苏洵以有疾病为由拒绝参试。本路转运使赵抃等人荐其品行仁义，欧阳修又说苏洵既然不肯参加舍人院考试，但还是要授予苏洵一个职务，于是朝廷下命令委任苏洵为试校书郎。
苏轼考中进士，因母亲程氏去世，他在家丁忧。守孝期过后，苏轼调任为福昌县主簿。县主簿，相当于现在的县政府秘书长、办公室主任。欧阳修认为苏轼才识都很优异，把苏轼举荐到秘阁任职。考试苏轼六论，过去他不打草稿，以前的文章不工整。苏轼考试六论开始打草稿，文章的内容很好。接着考试苏轼的制策，成绩为第三等，自宋朝开国以来，制策考试能够考上第三等的，只有参知政事吴育与苏轼两人而已。证明这个制策考试非常难考。
嘉祐六年八月，宋仁宗亲临崇政殿主考制策考试，贤良方正能直言极谏的著作佐郎王介、福昌县主簿苏轼、渑池县主簿苏辙参加考试。苏轼考试成绩为第三等，王介、苏辙考试成绩为第四等。也就是当时第三等与第四等的成绩是最好的。苏轼因制策考试优异，官职从县主簿晋升为大理寺评事、签署凤翔府判官；王介由著作佐郎晋升为秘书丞、静海县知县；苏辙由县主簿晋升为商州军事推官。
苏轼任职大理评事、签书凤翔府判官职务。当时，关中自从李元昊叛乱以来，老百姓贫穷而且徭役沉重。歧山县每年要输送南山木筏，自渭水入黄河。就是关中地区每年老百姓需要向政府贡献当地的木材，做成木筏进行输送。黄河从源头到入海口有数不尽的险滩和暗礁，而黄河最危险的地方是砥柱山的急流。砥柱山在河南省三门峡市。老百姓最苦的不是黄河的急流，而是政府官吏对完不成徭役任务百姓的盘剥，让他们家破人亡。苏轼自从当上凤翔府判官以来，进行调查研究，修改凤翔府地方性法规，把当地老百姓输送木材的时间作了更改，依据水流、汛期等水文因素的不同而择期运输，降低了运输的风险，使木筏输送的百姓的人身安全大大提高。
宋仁宗去世后，由他的养子赵宗实继承皇位。赵宗实就是宋英宗。治平二年，苏轼任职为登闻鼓院的主管。后又任职殿中丞。治平三年二月，北宋朝廷任命殿中丞苏轼为直史馆职务。从苏轼的仕途可以看出，他一直在走上坡路。从大理寺评事晋升为判登闻鼓院，再晋升到殿中丞，步步高升。治平三年二月，又从殿中丞晋升为直史馆。直史馆由宋朝初年置，为馆职之一，任职一至二年，然后委以重任，并可超迁官阶，后亦作为特恩加授外任官。也就是北宋朝廷为苏轼的破格提拔打开了通道。宋英宗在还是皇子身份时，就听说过苏轼的文学奇才的大名，他现在想要按照以前唐朝的制度把苏轼召入翰林，任命苏轼为翰林院学士、知制诰。宰相韩琦说：“苏轼，是个志向远大的大器之才，它日自会为陛下所重用，现在需要把他安排在朝廷中进行培养，历练后再重用他，则群臣就没有不同的意见了。现在立即重用他，恐怕舆论对他不利，反而起反作用。”宋英宗说：“安排苏轼修起居注，怎么样?”韩琦说：“记录起居注与制诰工作很相近，不可马上授予。不如在馆阁中较靠上的贴职授予他，而且请召来考试。”英宗说：“考试不知他能否胜任，像苏轼会有不能担任的吗？”韩琦还是不同意，到试了两篇论，又列入三等，苏轼得到了直史馆的职位。过了一些日子，欧阳修把韩琦与宋英宗对于是否重用苏轼一事告之，苏轼听到了韩琦的话，说：“韩公可以说是用德行来爱护人的呀。”
苏轼的父亲苏洵去世，朝廷赐给苏轼金帛，他推辞了。他向朝廷请求赠死去的父亲一个官职，朝廷同意了他的请求，赠官给苏洵为光禄丞。苏洵自知将死，因哥哥苏太白早亡，子孙没有成人，妹妹嫁给杜氏，死了未下葬，就嘱咐苏轼在他死后办理这事。苏轼服丧期满后，就马上安葬了姑母。后来当上大官可以让子孙得恩荫，恩荫就是依据父辈的功勋录用子孙后代为公务员的制度，苏轼就把这种好处推让给了苏太白的曾孙苏彭。
宋英宗赵宗实去世后，由大儿子赵顼继承皇位，史称宋神宗。熙宁二年，苏轼还朝。当时王安石任职参知政事，主持变法。王安石厌恶苏轼反对变法，因跟自己的政见不同，就让苏轼去告院当判官。熙宁二年五月，王安石想要变革科举制度，他认为古代录取士子皆本于学，请求朝廷兴建学校以复古，建议把诗赋科、明经科等诸科考试都撤销，专门以经义、论、策试录取进士。宋神宗下诏书命令“两制”、“两省”、“御史台”、“三司”、“三馆”的官员对是否改革科举制度进行大讨论。
“两制”：北宋翰林学士受皇帝之命，起草诏令，称为内制；中书舍人与他官加知制诰衔者为中书门下撰拟诏令，称为外制。翰林学士与中书舍人合称两制。“两省”：北宋通称门下省与中书省为二省。“三司”：北宋以盐铁、度支、户部为三司，主理财赋。“三馆”：北宋以昭文馆、集贤院、史馆为三馆。另有广文、太学、律学三馆，为中央教育机构，亦称三馆。
当时参与大讨论的百官们有很多人都支持科举变法，而直史馆、判官告院苏轼力排众议，认为不必变。
苏轼议论说：“得到人才的方法，在于了解这个人；了解人才的方法，在于注重他的实际工作能力与功绩。假如皇上和宰相有了解人的英明，朝廷有注重实际、业绩的制度与政策，那么就是普通公务员中也未尝没有人才，何况学校和科举呢？即使沿用现在的科举办法，我以为人才还有余。如果皇上和宰相没有知人之明，朝廷不求实际，不注重功绩，那么就是在高级公务员与中级公务员中也会常常忧虑没有人才，又何况学校和科举呢？即使恢复古代的选拔人才的制度，我以为还是不够。至于时代有可行与不可行，政事有随时废兴的不同，正是合适的时候，即使是暴君也无法废除，等到不再适用时，即使时圣人也无法恢复。所以，科举制度根本就没有复古的必要。
庆历年间开始设立学校，到了今天，只有空名存在，没有实际效果。现在要改变当今的礼制，更改当今的风俗，又要发动百姓来修建官府，收取百姓的财物来养活游学的知识分子。在方圆百里之内，设官员立教师，刑狱之事在这里审判，军事问题在这里讨论，又要挑选与淘汰不服从教化的人驱逐到远方去，那恐怕只是制造动乱，来使天下人水深火热之苦？至于不作大的改变，而希望对现在有所裨益，那跟庆历时代有什么两样？所以我认为今天的学校，但可因循旧制，沿用先帝的旧制度，不在我们这代废去就够了。至于科举的制度，已经实行了一百年了，国家的治乱和盛衰，根本不由此科举制度决定。陛下思考与想一下祖宗治理国家的时候，科举的办法，和今天的比起来哪一个更精？言语和文章，和今天比哪一个更好？所得到的人才，和今天比哪一个更多？天下的事，和今天比哪一个处理得更好？只要把这四点的优劣逐一比较，那争论就可以解决了。
现在想要改变的不过是这四个方面的人：一，有的人说乡试选拔人才太注重德行而忽略文词；二，有的人说专取策论而免试诗赋；三，有的人想兼取名望而免去密封试卷；四，有的人想使应试者免考帖去部分经文默写字句而考大义；这些都是知其一，不知其二的人。希望陛下留意、重视长远的、重大的事情上，这些区区的方法又何相干。那些关于人性天命的说法，从子贡开始就没再听说，而现在治学的人，以不说人性天命为耻，读他们的文章，大而无当不可追根问底；看这些人的相貌，更是高超却没有显著的特征加以斟酌，这难道真能如此吗？大抵中等人的性情，安于放纵而喜为怪诞而已。陛下又要怎样使用他们呢？”
当宋神宗听了苏轼的议论，他说：“我本来就怀疑此事，今天听了爱卿苏轼的奏议，我恍然大悟了。”过了几日，宋神宗召见了苏轼，问道：“如今的政令得失在哪里?就算是我的过错与过失，也可直说。”苏轼回答说：“陛下天性明知，天纵文武，不用担心不明察、不用担心不勤勉、不用担心没有决断，就是担心陛下治理国家太急躁、担心陛下听人话语太宽广、担心陛下提拔与进用官员太快速。希望陛下以冷静治国，等事情出现之后再处理，别操之过急。”宋神宗悚然地说：“爱卿的三个担心，我会熟思的，你在馆阁任职，都要为我深思治乱之策，不要有所隐瞒。”苏轼退朝后，和同僚说起此事，王安石听了后很不高兴。宋神宗想要重用苏轼修订中书省的相关法律条例，王安石提反对意见说：“苏轼与我所学的、所议论的事都不同，安排他做别的事情是可以的。”王安石调苏轼去当代理开封府的推官，想用事务困住他，免得苏轼反对他的变法。苏轼在推官的岗位上，工作出色、决断精敏，于是他的名气更大。
熙宁二年八月，苏轼的弟弟条例司检详文字苏辙被罢免职务。王安石变法，设置临时政府机构，称为制置三司条例司，该机构凌驾于三司之上，中书省与门下省皆不得过问这个机构的工作情况，这个机构的负责人是参知政事王安石与知枢密院事陈升之。苏辙是这个临时变法决策机构的属官。当时，苏辙与依附王安石的变法二号人物吕惠卿政见不同，经常发生抵触。青苗法颁布实施后，王安石派人去全国各地寻求尚未收取的财利，朝廷百官知道这些使者会迎合王安石心意做些破坏制度的事情，都不敢说。苏辙去见上司陈升之说：“昔嘉祐未年，派遣官员去抚恤各路百姓，但他们都务求滋生事端，回来所奏请的都不可实行，为天下人所耻笑，现在的做法跟过去的做法没有什么区别。”苏辙又写书信给王安石，力陈不要这样做，这样做会扰民。王安石对苏辙的反对意见很生气，想要治苏辙的罪，陈升之阻止王安石加害苏辙。苏辙上奏请求解除条例司检详文字一职务。宋神宗阅读了苏辙的奏书，问王安石说：“苏辙与苏轼相比如何?观察他们的学问比较相似。”王安石说：“苏轼与苏辙两兄弟大致以游说辩论为长。”宋神宗说：“如此，应该识时务，何以反而对变法提出异论?”于是，下诏书同意苏辙的请求，让他去做河南府的推官。
十一月，宋神宗想要重用苏轼同修起居注，王安石进谗言说苏轼的坏话，皇帝罢苏轼不用，用蔡延庆、孙觉同修起居注。皇帝的诏谕下到开封府，用折扣价购买浙江灯4000多支，直史馆、代理开封府推官苏轼上奏说：“陛下重视经术，效仿尧帝与舜帝，岂能以购买浙灯作为自己的快乐?这不过为了讨好皇太后与皇后之欢而已。然而，平民百姓不知道原因，会误认为皇帝为了浙灯这样的玩物，而夺取他们赖以生存的东西。此事虽然小，但是关系重大，请陛下收回前面下的命令。”宋神宗下诏书停止了用低价购买浙灯的命令。苏轼看到皇帝听从了他的意见，于是上奏书极论时政，写了7000多字反对变法。
王安石变革创立了新的制度，苏轼向朝廷上奏书论新法不方便百姓，其内容说：“我献上我的想法是三个内容，结人心、厚风俗、存纲纪。”
为保其原文原味，不进行翻译。全文内容如下：“人主之所恃者人心而已，如木之有根，灯之有膏，鱼之有水，农夫之有田，商贾之有财。失之则亡，此理之必然也。自古及今，未有和易同众而不安，刚果自用而不危者。陛下亦知人心之不悦矣。
祖宗以来，治财用者不过三司。今陛下不以财用付三司，无故又创制置三司条例一司，使六七少年，日夜讲求于内，使者四十余辈，分行营干于外。夫制置三司条例司，求利之名也；六七少年与使者四十余辈，求利之器也。造端宏大，民实惊疑；创法新奇，吏皆惶惑。以万乘之主而言利，以天子之宰而治财，论说百端，喧传万口，然而莫之顾者，徒曰：“我无其事，何恤于人言。”操网罟而入江湖，语人曰“我非渔也”，不如捐网罟而人自信。驱鹰犬而赴林薮，语人曰“我非猎也”，不如放鹰犬而兽自驯。故臣以为欲消谗慝而召和气，则莫若罢条例司。
今君臣宵旰，几一年矣，而富国之功，茫如捕风，徒闻内帑出数百万缗，祠部度五千余人耳。以此为术，其谁不能？而所行之事，道路皆知其难。汴水浊流，自生民以来，不以种稻。今欲陂而清之，万顷之稻，必用千顷之陂，一岁一淤，三岁而满矣。陛下遂信其说，即使相视地形，所在凿空，访寻水利，妄庸轻剽，率意争言。官司虽知其疏，不敢便行抑退，追集老少，相视可否。若非灼然难行，必须且为兴役。官吏苟且顺从，真谓陛下有意兴作，上糜帑廪，下夺农时。堤防一开，水失故道，虽食议者之肉，何补于民！臣不知朝廷何苦而为此哉？
自古役人，必用乡户。今者徒闻江、浙之间，数郡顾役，而欲措之天下。单丁、女户，盖天民之穷者也，而陛下首欲役之，富有四海，忍不加恤！自杨炎为两税，租调与庸既兼之矣，奈何复欲取庸？万一后世不幸有聚敛之臣，庸钱不除，差役仍旧，推所从来，则必有任其咎者矣。青苗放钱，自昔有禁。今陛下始立成法，每岁常行。虽云不许抑配，而数世之后，暴君污吏，陛下能保之与？计愿请之户，必皆孤贫不济之人，鞭挞已急，则继之逃亡，不还，则均及邻保，势有必至，异日天下恨之，国史记之，曰“青苗钱自陛下始”，岂不惜哉！且常平之法，可谓至矣。今欲变为青苗，坏彼成此，所丧逾多，亏官害民，虽悔何及！
昔汉武帝以财力匮竭，用贾人桑羊之说，买贱卖贵，谓之均输。于时商贾不行，盗贼滋炽，几至于乱。孝昭既立，霍光顺民所欲而予之，天下归心，遂以无事。不意今日此论复兴。立法之初，其费已厚，纵使薄有所获，而征商之额，所损必多。譬之有人为其主畜牧，以一牛易五羊。一牛之失，则隐而不言；五羊之获，则指为劳绩。今坏常平而言青苗之功，亏商税而取均输之利，何以异此？臣窃以为过矣。议者必谓：“民可与乐成，难与虑始。”故陛下坚执不顾，期于必行。此乃战国贪功之人，行险侥幸之说，未及乐成，而怨已起矣。臣之所愿陛下结人心者，此也。
国家之所以存亡者，在道德之浅深，不在乎强与弱；历数之所以长短者，在风俗之薄厚，不在乎富与贫。人主知此，则知所轻重矣。故臣愿陛下务崇道德而厚风俗，不愿陛下急于有功而贪富强。爱惜风俗，如护元气。圣人非不知深刻之法可以齐众，勇悍之夫可以集事，忠厚近于迂阔，老成初若迟钝。然终不肯以彼易此者，知其所得小，而所丧大也。仁祖持法至宽，用人有叙，专务掩覆过失，未尝轻改旧章。考其成功，则曰未至。以言乎用兵，则十出而九败；以言乎府库，则仅足而无余。徒以德泽在人，风俗知义，故升遐之日，天下归仁焉。议者见其末年吏多因循，事不振举，乃欲矫之以苛察，齐之以智能，招来新进勇锐之人，以图一切速成之效。未享其利，浇风已成。多开骤进之门，使有意外之得，公卿侍从跬步可图，俾常调之人举生非望，欲望风俗之厚，岂可得哉？近岁朴拙之人愈少，巧进之士益多。惟陛下哀之救之，以简易为法，以清净为心，而民德归厚。臣之所愿陛下厚风俗者，此也。
祖宗委任台谏，未尝罪一言者。纵有薄责，旋即超升，许以风闻，而无官长。言及乘舆，则天子改容；事关廊庙，则宰相待罪。台谏固未必皆贤，所言亦未必皆是。然须养其锐气，而借之重权者，岂徒然哉？将以折奸臣之萌也。今法令严密，朝廷清明，所谓奸臣，万无此理。然养猫以去鼠，不可以无鼠而养不捕之猫；畜狗以防盗，不可以无盗而畜不吠之狗。陛下得不上念祖宗设此官之意，下为子孙万世之防？臣闻长老之谈，皆谓台谏所言，常随天下公议。公议所与，台谏亦与之；公议所击，台谏亦击之。今者物论沸腾，怨讟交至，公议所在，亦知之矣。臣恐自兹以往，习惯成风，尽为执政私人，以致人主孤立，纪纲一废，何事不生！臣之所愿陛下存纪纲者，此也。”
王安石阅读苏轼这封奏章，当时表现出“深恶”的情绪。深恶，就是非常厌恶的意思，苏轼的反对变法的奏章得罪了参知政事王安石。熙宁三年三月，李大临、苏轼作为主考官依次排列士子上官均为第一名，叶祖洽为第二名，陆佃第五名。宋神宗命令陈升之在他面前朗读上官均等士子的策文，当场把叶祖洽提为第一名。叶祖洽，今福建省南平市邵武县人。陆佃，今山西省朔州市山阴县人。苏轼跟宋神宗说：“叶祖洽诋毁祖宗向皇帝献媚，而成为众士子中的魁首，用什么正社会风气?”苏轼于是写了一篇关于进士策论方面的文章献给皇帝，想要用文章来进谏。宋神宗把苏轼的文章给王安石阅读。王安石说：“苏轼的才很高，但是他所学的不正，又以不得志的原因，他的言论因此放纵不拘。”王安石多次请求皇帝罢免苏轼。
熙宁三年六月，北宋朝廷任命原知广德军朱寿昌为判河中府一职。知广德军是指广德军这个军事管理地区的知军官职，判河中府是指河中府这个地方政府的通判官职。朱寿昌，今安徽省滁州市人，他的父亲朱巽，在任职京兆府官员时，有一妾室刘氏怀孕后被赶出朱家。刘氏生下朱寿昌后，过了几年，又把朱寿昌还给朱巽抚养，刘氏与朱寿昌从此再也没有见过面，这一别就是五十年。朱寿昌长大后到处寻找生母刘氏，却音信全无。熙宁元年，朱寿昌与家人诀别，辞掉官职到秦州寻访生母，并且发誓找不到生母就不回家，当他寻到同州时，终于找到了生母刘氏，但这时刘氏已经70多岁了。知永兴军钱明逸把朱寿昌千里寻母的事迹向皇帝上奏后，宋神宗下诏书召朱寿昌到朝廷觐见。当时的舆论攻击李定不服母丧，没有人子之德。王安石极力举荐李定当审官院的官员，但因忌惮朱寿昌，于是安排朱寿昌任职审官院通判一职。过了几年，朱寿昌的母亲去世了，朱寿昌哭泣得眼睛差点失明，当时的知识分子与百官们作了很多诗来赞美朱寿昌的孝道，苏轼为诗集作序言，用以谴责天下不孝之人，李定看了序言与诗非常痛恨苏轼。
熙宁三年八月，宋神宗召见司马光谈话，司马光请求离京到地方政府任职。宋神宗说：“王安石与你关系好，你为什么要自疑?”司马光说：“我跟王安石关系是好，但是现在王安石执政以来，不顺从他的事情较多，现在违逆王安石的，如苏轼一样的人，都受到了诋毁，受到了法律制裁的威胁。我不敢逃避被削官罢免的命运，但想苟全自己清白自守的处世态度。我跟王安石的关系，比得上吕公著吗?王安石举荐吕公著上位，后来又把吕公著给毁了。他一人之身，前是后非，自相矛盾，必有不相信他的人。”宋神宗说：“青苗法改革有显著成效。”司马光说：“这改革天下人都认为他错了，只有王安石及其党羽认为做得对。”宋神宗说：“苏轼不是优秀的人才，鲜于侁是个能干的地方官员，苏轼用奏章的草稿散布他事迹；韩琦赠送苏轼三百两银子他不接受，却做贩卖盐、苏木、磁器生意。”司马光说：“对人要观察与了解他的真实情况与意图，苏轼做小买卖的获利，哪能比得上韩琦所赠银两之多?王安石厌恶苏轼，安排姻亲（谢景温的妹妹嫁给王安石的弟弟王安礼为妻）谢景温为鹰犬，对我与苏轼进行攻击，我能不自保吗?所以，我要离开京城避祸。就算苏轼不是优秀的人才，难道不胜于李定吗?李定不尽孝道服母丧，禽兽不如，王安石喜欢李定，想要重用李定为谏官，为何唯独厌恶苏轼?”
熙宁三年十月，翰林学士范镇被罢免职务。初，范镇举荐苏轼任职谏官，又举荐孔文仲参加制科考试。制科不是经常性的考试，必需要皇帝下诏书才能举行考试，考试科目与考试时间不固定。刚开始允许自荐，现任官员与知识分子都可以参加制科考试，后来官员参考需要公卿推荐，平民百姓需要地方官员审查才允许参考。范镇举存的苏轼被弹劾，举荐的孔文仲罢归去做原来的台州司户参军官职，范镇都尽力争之，但是朝廷不回复。范镇被罢免翰林学士职务后，苏轼去见范镇表示庆贺，安慰他说：“范公虽然退位而名声越来越大。”范镇露出忧愁的样子说：“天下受到变法之害，而我独享其名誉，我这是什么样的心呀！”于是范镇每日与朋友们喝酒作诗，借酒消愁。
熙宁四年二月。先是议论改革科举制度，宋神宗认为苏轼的意见有道理，后来有一天，皇帝询问王安石，王安石说：“苏轼说错了，现在人才少，且学的内容不相同，异论很多，所以不能只依靠一种行为正当的观念标准。想要依靠一种行为正当的观念标准，则必须建学校；想要建学校，则科举制度不可以不变。”赵抃也认为苏轼的意见是对的。
代理开封府推官苏轼调任为杭州通判。众所周知，开封府是北宋的首都，又叫东京。开封府的一把手称为府牧、府尹，或者叫知府，但北宋府牧、府尹不常置，所以经常用“权开封府事”为实际长官，一把手。权是代理的意思。苏轼是权开封府推官职务，开封府所属设左、右厅，每厅推官各一员，分日轮流审判案件。当初，苏轼任职直史馆这一官职，王安石拍宋神宗的马屁，称赞皇帝独断专任。苏轼在进行进士科举考试时，策文有这样的内容：晋武帝司马炎平定吴国，因为独断而攻克取胜；前秦皇帝符坚讨伐东晋，因为独断而灭亡；齐桓公姜小白专任相国管仲而称霸诸侯，燕王姬哙专任燕国权臣姬子之而灭亡；都是独断专任，事同结果却不同。王安石阅读了策文非常愤怒，因为这策文是在批评自己，说皇帝不该专任自己。于是王安石安排姻亲侍御史谢景温弹劾苏轼，但彻底查办苏轼没有找到苏轼犯罪的证据，苏轼为了保全自己向皇帝打报告请求外任当地方政府官员。于是就有了调任苏轼为杭州通判的命令。
苏轼得罪王安石后，害怕王安石继续报复，所以打报告申请外任当官，北宋朝廷于是调任苏轼为杭州通判。这一年，高丽派遣使者朝贡。高丽，本名高句骊，大禹治水后成为君主，分天下之地为九州，高句骊的领土属于冀州之地，周朝时封为箕子的国家，汉朝时属于玄菟郡。后唐、后晋、后汉、后周时，高丽为其藩属国。北宋开宝九年，宋太祖赵匡胤授王伷为检校太保、玄菟州都督、大义军使，封高丽国王。宋太宗赵匡义即位后，加王伷检校太傅，改大义军使为大顺军使。太平兴国七年，高丽国王王伷去世，宋太宗赵匡义授王伷的弟弟王治检校太保、玄菟州都督、充大顺军使，封高丽国王。在宋神宗主政时，高丽国王已传至王徽。高丽作为宋朝的藩属国一直到南宋孝宗赵昚期间，其后再也没有外交来往。南宋宁宗曾下命令，禁止商人持铜钱进入高丽经商，从此两国关系断绝。高丽使者给宋朝官吏送了礼品，书函用甲子纪年。苏轼拒绝说：“高丽是本朝的藩属国，而不接受我国的年号，我怎敢接受！”等高丽使者换了写了熙宁年号的书函，然后苏轼才接受。苏轼的年号之争，其实质是要体现宋朝是宗主国，高丽国是藩属国的主从意识。
“王安石变法”的新政在实施，苏轼在杭州任职期间，利用新法有利的方面来使当地百姓便利，百姓依赖苏轼执行政策的灵活性得以安身立命。北宋朝廷又调任苏轼为密州知州。司农下命令实施新法，对不按时实施新法的按违法犯罪惩治。苏轼对密州提举官说：“违反制度的判罪处罚规定如果出自于朝廷，谁敢不听从?但现在是司农的命令，司农这是擅自制定律法，也是违法行为。”提举官说：“请您不要追究这件事。”过了不久，朝廷知道这法令损害百姓的利益，于是下命令废除了。司农，相当于现在的农业农村部。
有强盗犯案，安抚司派了三班武官率领骄悍的兵卒来捕捉犯人，兵卒凶暴横行，还强抢民财，甚至于诬陷老百姓家中藏有宫禁之物，进入百姓家中争斗杀人，而后又畏罪潜逃，将要作乱。百姓们向苏轼控告兵卒们的暴行，苏轼把控告书扔在地上不看，还说：“一定不是这样的。”逃散的兵卒听说了知州大人苏轼不看并且当众扔掉了受害老百姓的控诉书，还认为没有兵卒犯案的事情，于是他们就稍为心安了。苏轼慢慢地派人引诱兵卒出来杀掉，为民除害。接着，朝廷调任苏轼任徐州知州。黄河在曹村决口，洪水泛滥到了梁山泊，流入了南清河，汇集在徐州城下。水位上涨，如果不能及时泄洪，城墙被浸泡塌掉，很有可能把徐州城淹没。城中富民都争先恐后地出城去避洪水。徐州知州苏轼对众百姓说：“富民出逃避灾，其他百姓见到了，就会人心涣散、动摇，我将与谁守徐州城?我在，决不会让洪水冲决城池。”接着，他下命令驱赶逃出城的富民入城。他到武卫营去找卒长。他对卒长说：“河水泛滥，将要毁城，事情紧急，你们虽是禁军且要和我尽力护城。”武卫营卒长说：“太守大人都不怕洪水坚持抗灾，我们这些人小物，应该效力。”武卫营是禁军的一支，驻扎在地方。卒长，古代一百名士兵为卒，其主官为卒长。北宋一百名士兵为一都，设都头、副都头，这里的卒长正式官称为都头。都头率领他属下的士兵拿着畚锸出营进行抗洪救灾，修筑东南方向的长堤，防洪堤坝从戏马台起，未尾与城墙连接。雨水下个不停，没有被水淹受损的只有三版。苏轼天天坚守在城池上，路过家门而不进入，同时，安排徐州官吏分守在紧要之处防洪，最后，保住了徐州城没有被淹没。他向中央打报告请求调发明年的服劳役的人增筑旧城，安排人用木头筑堤岸，以防止洪水第二次侵袭，朝廷同意了他的请求。
苏轼又调任到湖州当知州，他上奏章谢恩。他对“王安石新政”中有些不方便老百姓的政策，不敢再向朝廷提意见，于是写诗进行讽刺，用以讽谏，希望朝廷把错误的政策改正过来，于国于民有益处。御史李定、舒亶、何正臣这三人从苏轼诗中挑出一些诗句，断章取义、牵强附会地诬陷苏轼是在用诗句来诽谤朝廷。还把苏轼逮捕起来，押赴台狱，想要置苏轼于死地。王安石这一派的人想要弄死苏轼，而与苏轼政见相同的元老纷纷上书为苏轼说话。连退休在金庭闲居的王安石也上书为苏轼求情，他说：“怎么有圣世而诛杀才学之士的道理?”案件审了很久都没有判决。宋神宗喜欢苏轼的文学才能，怜惜苏轼，把苏轼降职为黄州团练副使。苏轼在黄州任职后与当地父老乡亲一起生活在溪旁山间，在东坡修建了房屋，自称“东坡居士”。后人称苏轼为“苏东坡”因此由来。
熙宁三年，宋神宗多次想要重新起用苏轼，但被当朝宰相阻止。宋神宗曾对宰相王珪、蔡确说：“编修我国史书很重要，可以命令苏轼主编国史。”王珪面有难色，不情愿。宋神宗说：“苏轼不可以的话，那暂且用曾巩来修国史。”曾巩向皇帝进献《太祖总论》，宋神宗对曾巩修的国史不满意，于是宋神宗手写诏书要苏轼移居汝州，说：“苏轼贬斥在外自我反省过错，经过了几年，认识到自己的错误了，他人才实在难得，我不忍心对他一辈子弃而不用。”苏轼没有到汝州任职，在去汝州的路上，由于幼子苏遁夭折，于是上奏书说自己贫困饥寒，在常州有些田产，想要去常州居住。朝廷同意了苏轼的请求。
苏轼去常州任职的途中，路过金陵，他去见了王安石。他对王安石说道：“战争与兴大狱，这是汉朝与唐朝灭亡的前兆，前皇帝以仁厚治理国家，正想改革，消除此战争与兴大狱的会导致国家灭亡的弊端。现在对西夏国用兵，连年战争没有和解，在东南地区又屡兴大狱，王公您不向皇上进谏劝阻一下，救民众于水火之中?”王安石说：“发动战争与兴大狱都是吕惠卿开启的，我现在在外，哪里敢为此事讲话?”苏轼说：“在朝敢讲话，在外不敢讲话，这是侍奉君主的常礼。但是皇上对待王公不是一般的常礼，王公对待皇上怎么能以常礼待之?”王安石厉声说道：“我会说的。”接着又说：“这话出在我的口中，入在你的耳中。”王安石继续说：“人必须要知道做一件不义的事，杀一个无辜的人，即使是事后得到了全天下也不会去做，这才是可以的。”苏轼开玩笑地说：“现在的读书人，为了减少半年的努力，就算是杀人也会干的。”王安石笑而不语。
宋神宗曾问枢密直学士陈襄现在朝廷有什么人才可以重用。陈襄回答说，司马光、韩维、吕公著、苏颂、范纯仁、苏轼、郑侠可以重用，共提了33个人才可以重用的名字。陈襄又说：“司马光、韩维、吕公著都是股肱心膂的臣子，不应该让他们长期在外地当官，要早点调进京城当官。郑侠愚直敢直言进谏，他由于忠义，被贬到边远蛮荒之地，愿使他能活着回来。”宋神宗没有采纳陈襄的谏言。
苏轼到常州。元丰八年，宋神宗去世，由9岁大的皇太子赵煦即位，史称“宋哲宗”。这时的宋哲宗年幼，军国大政由太皇太后高氏“垂帘听政”。而苏轼因受“乌台诗案”的构陷被贬官，多年未重用。太皇太后高氏于元丰八年五月，复苏轼职为朝奉郎、登州知州。朝廷并且任命他为礼部郎中。苏轼跟司马光、章惇的关系很好。司马光任职门下侍郎，章惇任职枢密使，这两个人意见不合，关系不睦。章惇常常戏弄侮辱司马光，司马光为此而苦恼。苏轼去见章惇说：“司马光名望很重。从前许靖因有虚名而无实用，被蜀先主刘备所鄙视，法正说：‘许靖天下知名，如果对他不给予高的礼遇，必然会被天下人认为我们轻慢贤人。’刘备采纳了法正的建议，委任许靖做了司徒的官。刘备连许靖这样的名士都不敢轻慢，何况本朝名声在外的司马光呢?”章惇觉得苏轼说得有道理，不敢再戏弄侮辱司马光了，于是司马光稍得安宁。
苏轼晋升为中书舍人。他从忧患中被重新起用，不想骤然间登上要职，他向宰相蔡确请求辞职。蔡确对苏轼说：“你已经很久没有得到升迁，朝廷中没有比你更合适当中书舍人的了。”苏轼推荐林希说：“从前我与林希同在馆里任职，而且他年纪大，资历深。”蔡确说：“林希真的应该比你先起用吗?”宰相蔡确不同意苏轼提出晋升林希的意见。元佑元年，苏轼以七品官服入侍皇帝于延和殿，赏赐了银绯官服，升职为中书舍人。
当初，从前的皇帝制定了差役法，这法律实行久了就产生了弊端。百姓服徭役不习惯，而且官差又虐待他们，致使这些服徭役百姓多数破产贫困。在人口少的地区，很多服徭役的百姓一年到头都没有什么休息的日子。王安石辅佐神宗皇帝时，把差役法改革成了免役法。使各户百姓按等地高下出钱雇人代役，执行法令的人往往索取过分，成为百姓的灾害。司马光任宰相，他知道免役法的坏处，不知道此法的好处，他想恢复以前的差役法，派苏轼等官员成立改革免役法的机构。苏轼进言说：“差役法、免役法名有其利弊。免役法的害处是搜刮老百姓的钱财，弄得十室九空，上层敛财聚钱而百姓没有钱。差役法的害处是百姓专心为当地政府服务，没有时间从事农业生产，而贪官污吏乘机从中徇私舞弊。两种法律制度对百姓的害处大致相等。”司马光说：“你说该怎么办?”苏轼说：“法制沿袭，那么事情就容易成功，遇事循序渐进，那么百姓就不会惊恐。三代的法律，军民合一，到秦始皇时，军民分开，唐中叶以来，把所有的府兵都变成了长期征战的士兵，专事国防战争。从这个时期以来，农民专门从事农业生产，士兵专门从事战争，农民生产出粮食与布匹来供养士兵，士兵拼命以保卫农民，天下人以为好。即使圣人现世，也不能改变这个状况。现在的免役法，很像这样的事。你现在马上要取消免役法而恢复差役法，就如同取消长期征战的军队而恢复军民合一，农战结合，不是那么容易做到的。”司马光对苏轼的言论不以为然。苏轼又在政事堂陈述他的观点，惹司马光生气了。苏轼说：“过去魏国公韩琦要给陕西义勇军身上刺字，你为谏官，争执得很厉害，韩琦不高兴，你也不管仍然我行我素。我听说过你这样的事情，难道你当上了宰相就不许我学你从前一样畅所欲言吗?”司马光笑了笑，过了不久，任命苏轼为翰林学士。
宋仁宗在世时，非常喜欢苏轼、苏辙的文章，曾说过我为子孙得到了两个宰相，然而，宋仁宗对苏轼没有重用。宋神宗在世时，非常喜欢苏轼的文章，阅读苏轼的文章到了废寝忘食的地步，经常称赞苏轼是天下奇才，然而，宋神宗对苏轼也没有重用。元丰二年，苏轼被御史李定、舒亶、何正臣诬陷为“乌台诗案”被告，兴文字狱而落得个丢官罢职的命运，很多年一直未得到升迁重用，直到宋哲宗即位后，被守旧派的太皇太后高氏看中，才顺利平步青云。
元祐元年三月，御史吕陶上书弹劾范子渊：“司农少卿范子渊，在元丰年间任都水监丞时牚管水利工程，耗费钱财数额巨大，护堤、修堤的人淹死了很多，而且防洪水利这事情没有办成，请求将他罢免。”于是朝廷下诏书免去了范子渊司农少卿的职务，降职为峡州知州。苏轼受命起草范子渊的贬官诏书。其意是批评范子渊用国家有限的财力去做不成功的徭役，驱使无辜的百姓置他们于必死之地。这份诏书受到了广泛好评。四月，特进、荆国公王安石去世，享年66岁。王安石著有《日录》一书共有70卷，在书中王安石用文字诋毁韩琦、富弼、文彦博、司马光、吕公著、范镇、吕诲、苏轼等一时的贤臣，晚年他居住在金陵，在钟山书室中经常写“福建子”三个字，是因为他怨恨被吕惠卿所误。六月，朝廷听从了王岩叟、朱光庭、苏辙、王觌的上书建议，贬授吕惠卿为建宁军节度副使，罚本州安置，不许管理公务。苏轼起草制词说：“先帝始以帝尧之仁，姑试伯鲧；终以孔子之圣，不信宰予。”这意思是先帝像尧帝一样仁厚，所以把吕惠卿当成伯鲧一样去治理水患，结果没有功绩，现在朝廷如同孔子的圣明一样，不相信像宰予一样的吕惠卿。孔子评价宰予是：朽木不可雕也，粪土之墙不可杇。制词又说：“尚宽两观之诛，薄示三苗之窜。”这制词引经据典，比喻形象，批评了吕惠卿德不配位，只能得个流外蛮荒之地的下场。制词传播后天下人无不拍手称快。
元祐元年九月。著名理学家程颐在经筵时，经常用到古代的礼节礼仪。经筵是指汉唐以来帝王为讲论经史而特设的御前讲席。宋代始称经筵，置讲官以翰林学士或其他官员充任或兼任。 也就是程颐逢讲期入侍，为皇帝讲课。苏轼对程颐古板守旧、泥古拘方的行为方式看不起，觉得程颐不讲人情，比较憎恶，经常性地对程颐戏谑与不屑。尚书左仆射兼门下侍郎司马光去世，跟王安石一样享年66岁。当时，刚结束明堂祭祀大典的群臣欲往吊丧，但是程颐借用孔子的语录：“子于是日哭而不歌，岂可刚贺赦了，又去吊丧？”百官中有坐客反驳程颐说：“孔子言哭则不歌，不言歌则不哭。”这个苏轼遂借机戏谑程颐说：“这是肮脏地方的叔孙通所制定的礼。”大家都哄笑起来。于是苏轼与程颐结怨，苏轼因这一句戏言得罪了程颐。程颐的不合时宜之处是参加明堂祭祀大典的群臣想一起齐去吊唁司马光，而程颐用孔子的“日哭而不歌”的所谓“礼”来阻止大家去吊唁。“日哭而不歌”意思是孔子在这一天为吊丧而哭泣，就不再唱歌。苏轼引起群臣讥笑程颐，让程颐在众人面前丢了脸面。程颐属于洛党的核心人物，苏轼讥讽与戏谑程颐，实际上是结怨洛党一派了。
孙升上奏说：“本朝前几任皇帝重用人才，如赵普、王旦、韩琦，这三个人，文章学问不是很有名气，然而观他们的德业（德行与功业）、器识（器量与见识）、功烈（功勋业绩）、治行（为政的成绩），近世宰相没有比得上他们三人的。王安石为一代文学宗师级人物，晋升为宰相的高位，实施的政策，都是出于个人的智慧。所以，辅佐皇帝治理国家，不是依靠个人的文章学问。 现在苏轼的文章与学问，中外都很服气，然而德行与功业、器量与见识有所不足，现在能晋升为翰林学士，可以是非常重用了，如果要辅佐皇帝治理国家，希望陛下以王安石为戒。”世人舆论讥讽孙升说了不当言论。
十二月，程颐的学生朱光庭上奏弹劾苏轼说：“翰林学士院苏轼在他的《试馆职策问》中提到：‘想要学习宋仁宗的忠厚，而担忧百官不尽职责，或者至于偷盗；想要效仿宋神宗的励精图治，又怕监司守令等官员不理解其中的意图，流于形式，做事刻薄。’文中又说：‘汉文帝刘恒是个宽容厚道的、德高望重的君主，没有听说过他有懒散、停止工作、没有尽职责的毛病；汉宣帝刘询全面考核事物的称说是不是与实际相符，没有听说过他有督察过分的过错。’我以为宋仁宗深仁厚德，跟天一样广大，汉文帝也比不过他；宋神宗雄才大略，跟神仙一样不可以揣测，汉宣帝也比不过他。现在学士院考试官员不识大体，妄议君主以‘媮刻’贬义两字议论，请治考试官的罪。”朱光庭在苏轼文章中抠字句，想兴文字狱来诬陷苏轼。朝廷下诏书治苏轼的罪，准备放逐苏轼。苏轼得到这个消息，马上写奏书为自己辩护，于是朝廷下诏书收回治苏轼罪的命令。御史吕陶上奏章为苏轼说话：“苏轼所写的策题，造设此问题用以观察他是怎么回答的，并不是说宋仁宗不如汉文帝，宋神宗不如汉宣帝。台官与谏官以公平、公正为原则，不可以用职权去打击报复跟自己有私人恩怨的人。议论的人都说苏轼经常戏谑程颐，朱光庭是程颐的学生，故意公报私仇，朱光庭加害苏轼治其的罪，有什么手段不会使出来?现在朱光庭弹劾苏轼指出其的策问内容诽谤、贬低宋仁宗与宋神宗，恐朋党的弊端，从现在兴起了。”
元祐二年元月，王觌上奏：“朱光庭弹劾苏轼斥责他策问过失，吕陶尽全力为苏轼辩护，我认为苏轼的言辞不过就是失轻重之体。如果要深究，则会有两种分歧，两种不同的舆论会更大。一个学士用词不当，这事是小事，而使士大夫有了朋党之争的污名，这是大祸患。”太皇太后觉得王觌讲得有道理。当时舆论认为朱光庭因为苏轼与老师程颐有矛盾而弹劾苏轼的，而吕陶与苏轼都是蜀地同乡，遂有了洛党、蜀党两党相争的议论。吕陶，眉州彭山(今属四川)人。苏轼，眉州眉山（今属四川省眉山市）人。程颐，洛阳伊川（今河南洛阳伊川县）人。朱光庭，（今河南偃师市）人。
傅尧俞、王岩叟被太皇太后召去问话，主要是讨论苏轼的策题不当的问题。太皇太后说：“弹劾苏轼是朱光庭的个人私怨，你们跟朱光庭是同党呀。”傅尧俞、王岩叟同奏说：“我们蒙太皇太后召见，说我们结党阿附朱光庭弹劾苏轼，我们辜负了自己工作职责，更不敢去御史台供职，请求太皇太后斥逐我们。”过了几天，朝廷下诏书说：“苏轼所撰写的策题，既没有讥讽宋仁宗、宋神宗之意，然而，自我朝考试录用人才，也没有将祖宗治理国家体制进行评议的。只不过是一时失于查考，通知翰林学士院。命令傅尧俞、王岩叟、朱光庭速去继续本职工作。”这道“和稀泥”的诏书是朝廷采纳了吕公著的建议。苏轼两次遭遇仇家兴文字狱弹劾，第一次“乌台诗案”，苏轼被仇家找诗中的字句上纲上线扣上讥讽、诽谤朝廷的大帽子，差点坐牢，最后被贬官；第二次是“策题案”，苏轼被仇家从字句中找出跟宋仁宗、宋神宗有关的句子，上纲上线扣上讥讽、贬低先皇的大帽子，差点受处分驱逐离京。两次幸亏有人为苏轼说话、求情，才让苏轼躲过劫难。当然，朝廷对苏轼“乌台诗案”减轻惩罚与“策题案”免于处罚，主要原因是宋神宗与太皇太后高氏欣赏苏轼的文学才华的缘故。
元祐二年四月，朝廷任命彭城百姓陈师道为徐州教授。陈师道是“唐宋八大家”之一曾巩的学生。曾巩，字子固，今江西省南丰县人，北宋著名文学家，官至管勾编修院、判太常寺兼礼仪事、中书舍人。作为曾巩的学生的陈师道，博学，文章写得好。熙宁年间，王氏的《经义》学说比较盛行，陈师道不喜欢王氏《经义》之学，他想在仕途上有所发展。先是苏轼、傅尧俞、孙觉向朝廷推荐陈师道任教育方面的官职，接着梁焘推荐陈师道为太学博士。有人向朝廷弹劾说陈师道在任教育官员时经常擅离职守离开任所去南京见苏轼，朝廷免他的职后又复他的职为颍州教授。又有人向朝廷打小报告说陈师道不是参加公务员考试当官的，他被罢免了官职回家了。陈师道家里贫穷，经常性地几日不做饭，他的妻子怨恨他不能养家糊口，不体恤他。苏轼把陈师道当成自己的学生一样教育指导。后来，陈师道又启用为棣州教授，在上任途中改任为秘书省正字，未上任病逝。
八月，右司谏贾易被降职为怀州知州。苏轼因策题案被御史台与谏院的纪委监察官员所弹劾，而这些监察官员跟程颐的关系好，苏轼与程颐闹矛盾，两派官员相互攻击。贾易上书建议朝廷驱逐苏轼、程颐出京，又说吕陶是苏轼、苏辙这一党派的人，而这一派的幕后主脑是文彦博，言话中攻击文彦博与范纯仁。文彦博是北宋政府前总理，范纯仁是范仲淹的儿子也是北宋政府前总理，所以，贾易说文彦博、范纯仁的坏话激怒了太皇太后，太皇太后想要严惩贾易。宰相吕公著进谏说贾易言语切直，但诋毁大臣太过了，于是朝廷罢免了贾易右司谏这样的监察官员的职务，把贾易贬为怀州知州。
当时，吕公著一个人独任宰相，群贤在朝，不能不站队归于不同派别，于是朝廷百官有了洛党、蜀党、朔党的别称。洛党以程颐为首脑，朱光庭、贾易为辅；蜀党以苏轼为首脑，吕陶等人为辅；朔党以刘挚、梁焘、王岩叟、刘安世为首脑，其他官员为成员的较多。党争之起时，朝廷官员中吕大防、范祖禹、司马光不属于任何党派。
九月，王觌上奏说：“苏轼、程颐，因为小的矛盾，渐成了仇敌，于是程颐、苏轼关系好的人，相互攻击与诋毁，以求在政治上得势。前些日子程颐罢免了给皇帝讲课的职务而监察官员讲这是苏轼的错，所以苏轼请求外任当官，现在降诏书不同意苏轼外任，寻求让苏轼给皇帝讲课，现在执政的大臣有职位空缺，要想保全苏轼，暂且不要重用苏轼，要让苏轼对与程颐发生矛盾而生悔恨之心。”
十二月，赵挺之上奏说：“苏轼所钻研的学术，本是出自《战国策》纵横之术与揣摩皇帝的学说，近日翰林学士院对廖正一任职馆职进行策论考试，用王莽、袁绍、董卓、曹操篡位作为策试问题提问。如果让苏轼得志居高位，他将会什么事都做得出来。”
元祐三年二月，持续阴雨天气。翰林学士兼侍读苏轼上书说：“差役的法律，天下人认为不方便，唯独御史台、谏院几位纪委监察官员主张现行的差役法好，不可以改革。近来听说有个叫张行者的小官上奏现行差役法的弊端，而谏院的谏官韩川却很诋毁张行者，想要加重处罚贬黜张行者。这个谏官也没有其它什么意思，只是在司马光在世在职时，想要迎合司马光的意图，现在司马光去世了，他妄自猜测陛下会主张实施司马光建议的差役法。却不知道司马光非常真诚，天下为公，本来就不希望有人迎合他，而陛下谦虚，不以自我为中心，是不会在差役法方面自作主张的。就算司马光在世，见到差役法的弊端，也会更改自己的主张的。我每次见到吕公著、安焘、吕大防、范纯仁，他们都表示现行差役法不方便百姓，但因为此差役法是已经在实施的法律，不想轻易改变，怕御史台与谏院的纪委监察官员出现纷争，难以调和分歧与矛盾。希望陛下询问吕公著等人，命令他们陈述差役、雇佣两法的利害关系。过去雇佣他人服徭役，中等人户每年要出多少钱；现在差役，每年要花费多少钱；每户人家几年要执行一次差役。不管是雇佣人抵徭役，还是现行的差役都可以折长补短，对其成本进行计算，利害就明显体现出来了。何况农民为政府服徭役，那贪婪与狡猾的地方政府公务员，盘剥渔利，比雇佣人服徭役，老百姓更加苦十倍，老百姓被剥削得贫穷却没有地方告状与诉苦，农民耽误农时，百姓难以生存。现在我的上奏，万一陛下觉得可以采纳的，请求将我的奏章留置宫禁之中，不交办，等待陛下的意思再实施，或许可以答复上天给予的儆戒，让老百姓可以存活。”
这年，朝廷安排苏轼等人主持进士科举考试。知贡举苏轼、孙觉、孔文仲共同上书说：“每次进士科考试、诸科考试及特奏名约有八百人。过去的制度，礼部已经奏名的，到殿试时落榜者很多。嘉祐年间开始全部赏赐特奏名的人进士出身，近杂犯也能免于落榜，都不是先帝的本意。进士升甲等，本来是尚书省第一名由皇上呼名召见登第进士的，才能特别晋升。这甲等第一名进士由皇上决定。现在礼部十人以上的别试、国子试、开封解试、武举试第一名、经明行修进士及特奏而预正奏的，颁布法令公之于众，升为一甲。这是有政府部门执行法律，施恩不归于皇帝，很没有意义的。如今特别提拔的约有四五百人，又制定规则减少一次考试，又增加了几百名官员。这些通过恩榜提拔的官员年龄大没有其他什么想法，在各州县当官，唯一干的事是把贪污纳贿作为自己的立身之本，他们残民败官，对国家没有益处，却让国家遭受损失。议论朝政的人的目的不过是为了显示朝廷封官的恩泽，却不知道吏部以有限的官职来等待庞大想当官的公务员群体，户部以有限的财政资金来给无用之人发工资，这些恩榜的官员到了州县，州县都深受其害。所谓恩泽，不是我们所见识的有益于国于民的恩泽。我恳请圣上，明令大臣，凡名列特奏名的举人，只能按照近日圣旨的安排，仍然下诏殿试考官严加考核，录取一二十人，他们当中确实有学问的，词理出色的人，可以允许授官职，其余之人都补文学、长史之类的职务，不必在意选限。”朝廷采纳了主考官苏轼、孙觉、孔文仲的建议，下诏书规定特奏名、考取进士入四等以上、诸科考试入三等以上，通过考试的统计，不得录取全额的一半，后来这规定形成固定的法律。
北宋制定了《亲试进士条制》。《亲试进士条制》规定考试等次分为五个等级：学识优长、词理精绝为第一等。才思该通、文理周率为第二等。文理俱通为第三等。文理中平为第四等。文理疏浅为第五等。接着临轩唱第，第一等、第二等为“及第”，第三等为“出身”，第四等、第五等为“同出身”。“特奏名”是宋代科举制度的一种特殊规定：考进士多次不中者，另造册上奏，经许可附试，特赐本科出身，叫“特奏名”，与“正奏名”相区别。“特奏名”是皇帝开恩，让那些老是考不上进士的人，另外赏赐他们进士出身，让他们当官。苏轼等上奏的目的是指出这种恩榜的弊端，造成冗官冗员增多，而且这些人只拿工资不做事给政府带来财政负担，他们还要贪污受贿，于国于民不利。所以，朝廷采纳苏轼等主考官的意见下诏书限制“特奏名”恩榜的名额来达到减少冗官冗员的目的。
苏轼担任翰林院侍读官时，他经常要教年纪小的宋哲宗读书，他每次讲授到历史兴衰成败、历代皇帝得失之处时，反复开导宋哲宗，希望这个小皇帝有所领悟。宋哲宗虽然以恭敬的态度不说话，但很赞同苏轼的言论。他经常阅读先皇的《宝训》，因涉及到时事，他说：“现在国家赏罚不明，善恶没有人劝阻；黄河之水流向北方，而强使黄河东流；西夏军入侵镇戎军这个地区，杀死、抢掠我边民几万人，军事官员不向朝廷上奏。这些事情的发生，恐成国家衰败动乱的开始。”
元祐三年四月，朝廷委任中书侍郎吕大防为尚书左仆射兼门下侍郎，同知枢密院范纯仁为尚书右仆射兼中书侍郎。吕大防与范纯仁为北宋朝廷的左右宰相。委任吕大防与范纯仁的诏书制词是苏轼所写。
太皇太后在内东门的小殿召见苏轼。太皇太后较赏识苏轼，当时宋哲宗年纪小不能主政，朝政大权由太皇太后掌控，国事由她决断。苏轼能从地方政府调入京城，并且得到提拔，是太皇太后重才、惜才的结果。苏轼接受圣旨受到了太皇太后的接见，太皇太后见到苏轼后急忙问道：“你前年任什么官职?”苏轼回答说：“我前年任汝州团练副使。”太皇太后接着问道：“现在任什么官职?”苏轼回答说：“我现在任待罪的翰林学士。”太皇太后再问：“为什么能晋升为翰林学士?”苏轼说：“这是我有幸遭遇到太皇太后、皇帝陛下的结果。”太皇太说：“不是的。”苏轼说：“难道是大臣讨论推荐我的?”太皇太后说：“也不是。”苏轼说：“我虽行为失检，没有礼貌，但不敢从其他途径获得晋升。”太皇太后说：“提拔你是先帝的意思，先帝每次阅读过你的文章，必赞叹说：‘奇才，奇才！’但未来得及重用你而已。”苏轼不知不觉失声大哭起来。太皇太后也哭了，在旁边的宋哲宗也跟着哭了，左右的宫女侍臣一齐哭泣。过了不久，太皇太后命令给苏轼赐座赐茶，然后，撤掉御前金莲烛给苏轼照明，派人送苏轼回翰林院休息。
苏轼在翰林院做官，经常通过言论文章来规劝政府注意时政得失，他的好友毕仲游写书信劝说他：“人受言论的拖累，并不需要说出口的言语，这些言论形于诗歌，赞于赋颂，托于碑铭，著于序记，都是人的言论。现在害怕自己口中言论惹祸而不害怕文章惹祸，肯定、表扬、认同他人的言论，被肯定、表扬、认同的人很高兴。否定、批评、贬损他人的言论，被否定、批评、贬损的人心怀怨恨。喜欢你的人未必有帮助你的智慧与才干，而怨恨你的人却有破坏你的事的能力。你的职务既不是谏官，又不是御史，而喜欢卷入是非之中，你这是危害自己触犯他人忌讳的，你在其中，犹如抱着石头去水中抢救溺水的人。”苏轼没有听好友毕仲游的劝告。
元祐三年十二月，刘安世上奏弹劾周穜。郓州教授周穜是翰林院学士苏轼所举荐的。刘安世多次上奏指出近臣举荐士子的弊端，所以，北宋朝廷下诏书禁止百官签署职衔上奏举荐士子当官。苏轼作为翰林学士这职位很重要、很清贵。如苏轼的亲弟弟苏辙就以户部侍郎改任吏部侍郎，过了三天又改任为翰林学士。这说明翰林学士的官位职务不低，跟六部侍郎级别一样，相当于现在的副部级。而且翰林学士出身的任宰相的机率非常高。刘安世上奏说：“郓州学教授周穜上书，请求把原宰相王安石配享神宗祖庙进行祭祀。周穜疏远地位低微的官员，他怀有奸诈邪恶的心，以置身事外静观事态发展来图谋职务晋升，并且凌侮蔑视百官的意见，对典礼胡言乱语，希望朝廷处分周穜，以明好恶。”苏轼听闻刘安世弹劾他举荐的周穜，于是上奏书承认错误，作检讨，他说：“我羞愧自己位列皇帝的侍从官，没有识人之明，致使引荐周穜玷污学校的声誉，我弹劾自己等待朝廷对我的处分。”于是朝廷罢免了周穜郓州教授这一职务，让吏部重新安排工作。
了解一下北宋翰林学士院这个相当于现在中科院兼办公厅的政府机构。北宋设置翰林学士院，主管翰林院正职是翰林学士承旨，副职是翰林院学士，属官有知制诰、直学士院、翰林权直、学士院权直。翰林学士院的主要职责是主管撰写制诰、诏、令工作。翰林院有侍读学士与侍讲学士之分。侍读学士有充宫观兼侍读的，还有台谏兼侍读的。侍讲学士有台谏兼侍讲的，还有宫观兼侍讲的。另外还有崇政殿说书这一官职。
元祐四年三月，翰林学士兼侍读苏轼，罢免为龙图阁学士、杭州知州。原因是苏轼经常阅读《祖宗宝训》，论及时事，批评朝廷现状说：“现在功劳与罪过不清楚，赏罚不明，好坏善恶没有人劝阻。如今黄河水势北流强行改道向东流。西夏入侵我镇戎军，杀害与掠夺我边民几万人，军事将领掩盖事实真相不向朝廷汇报，朝廷对这些不闻不问。我怕这样下去国家会渐渐衰败动乱。”身居高位，掌握大权的人怨恨苏轼讲真话、直话，特别是赵挺之、王觌在朝堂上攻击苏轼严重。苏轼知道朝中一些官员容不得他，于是请求外任避祸，所以，朝廷安排苏轼去杭州当知州。
蔡确曾任过宰相，是支持王安石变法的，保守派人物司马光、吕公著要全面废除新法，蔡确不肯并把变法的责任揽在自己身上，最后受到朝廷处分。梁焘密奏蔡确亲党与王安石亲党并附有名单。蔡确亲党有：安焘、章惇、蒲宗孟、曾布、曾肇、蔡京、蔡卞、黄履、吴居厚、舒亶、王觌、邢恕等47人。王安石亲党：蔡确、章惇、吕惠卿、张璪、安焘、蒲宗孟、王安礼、曾布、曾肇、彭汝砺、陆佃、谢景温、黄履、吕嘉问、沈括、舒亶、叶祖洽、赵挺之、张商英等37人。杭州知州苏轼未动身去杭州到任之时，他秘密上奏给太皇太后说：“朝廷如果处分蔡确之罪太轻，则会显示皇帝的孝治不足。如果处分蔡确之罪太重，则会对太皇太后的施行的仁政有小损害。应该让皇帝降敕治蔡确的罪行，而太皇太后您就对蔡确宽容从轻处置，这样就成全了皇帝的孝与您的仁，一举两得。”太皇太后高氏觉得苏轼说得很有道理，但是并未采用苏轼的意见。虽说太皇太后没有采纳苏轼的主张，但为了安抚苏轼，在苏轼离京至郊外时，她安排内侍用宰相的标准，赏赐苏轼龙团茶、银合，对苏轼慰劳很优厚。
十二月，杭州知州苏轼上奏说：“杭州粮食非常匮乏。今年两浙种粮的收成非常少，我怕明年有饥饿导致的盗贼叛乱之忧。转运司上供的粮食额度与以前欠缴的粮食共有一百六十多万石，请求朝廷暂且允许上交一半或者三分之二粮食。”朝廷下诏书批准了苏轼的意见，允许杭州地方政府留下上供的粮食三分之一用之应付灾荒。杭州有了上供的三分之一的粮食，因此，当地的粮食价格并不高，又得到赐给剃度和尚的度牒，换成大米来救济饥饿的百姓。第二年春天，又减价出卖常平米，做了很多粥和中药汤剂，派人带着医生分街坊给百姓治病，救活了很多人。苏轼说：“杭州在水陆交会的地方，因为瘟疫导致的死亡的人数比其他地方的多。”他集中公款二千缗，又拿出个人的积蓄五十两黄金，办诊所治疗得病的百姓，他又稍稍积蓄钱粮来收治得病的患者。
杭州临近大海，这个地区地下水资源又咸又苦。唐朝刺史李泌，他引导西湖的淡水建立六口大井作为当地百姓的取用饮用水，百姓的饮用水充足了。白居易在杭州当官时，疏浚西湖水引入运河，湖水自运河流入农田，所灌溉的农田达千顷，于是当地百姓粮食问题解决了。西湖水中水草很多，自唐朝到五代的钱氏政权，年年都需要疏浚治理。然而，到了宋朝，就没有继续疏浚治理，水草淤积形成封田，湖水几乎没有了。运河失去了西湖水的补给，只好从钱塘江涨潮引水来解决用水问题。船航行在杭州城中，湖水又夹带着大量的泥沙淤积于运河，每隔三年，都要消淤一次，这清淤工作成为杭州百姓的一大祸患，李泌曾经建的六口水井也荒废了。苏轼任杭州知州到任后，就全心全意为百姓服务，他组织人员疏浚茆山、盐桥两条河流，因为茆山有一条河专门容纳钱塘江潮水，盐桥有一条河专门容纳西湖水，疏通了两条河流便于通航。同时，苏轼又组织人修造堤堰闸门，控制西湖水的蓄积与排泄，钱塘江潮水不再进入杭州城内，泥沙淤积的问题得以解决。他又安排人修复六口大井，老百姓获得饮用水的便利。苏轼说：“通过清理水草，清除出来的淤泥，堆积在西湖之中，修筑为长堤以通南北，可以除去水草与淤泥而使人们有一条便于行走的道路。”他让百姓种植菱角，又安排百姓除水草。他把种菱角的收入作为以后修浚西湖的费用，又取救济荒灾剩余的一万缗钱、万石粮食，他又向朝廷请求得到的一百张僧人度牒用来雇募民工，用这些来修堤。长堤建成后，南北长一十三里。接着，他安排人种植芙蓉花、杨柳树在长堤上，长堤变得美如画。杭州百姓称这个长堤为“苏公堤”。
元祐六年正月，北宋朝廷任命龙图阁直学士、杭州知州苏轼为吏部尚书。吏部尚书相当于现在国家部委人事部的部长，正部级官员。二月，朝廷把苏轼改任为翰林院承旨，翰林院承旨是翰林院的“一把手”。苏轼晋升是因为治理杭州有功，且太皇太后赏识的缘故。苏轼从吏部尚书改任翰林院承旨，这是因为他的弟弟苏辙已经从御史中丞晋升为尚书右丞，进行公务员回避，为了避嫌。尚书省设有尚书令、尚书左仆射、尚书右仆射、尚书左丞、尚书右丞、左司郎中、右司郎中、左司员外郎、右司员外郎等官员。尚书左丞、尚书右丞跟参知政事差不多，相当于副宰相。尚书令虚设其名，北宋朝廷极少委任尚书令的，所以尚书左仆射、尚书右仆射是实质上的宰相。尚书省下设有六部：吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部，各部正职为尚书、副职为侍郎。
五月，朝廷下诏书任苏轼翰林院承旨兼侍读。七月，苏轼上奏说：“浙西诸郡已受二年的水患灾害，今年的水灾更严重，杭州被水淹死的有五十多万人，苏州有三十万人。”朝廷下拨赈灾粮食百万石、钱二十万缗救灾。侍御史贾易、杨畏、安鼎上书说浙西受水灾死亡人数不实，请求调查，朝廷采纳了他们的意见。范祖禹封还诏敕为苏轼辩解，朝廷听从了范祖禹的建议没有派御史去调查水灾实际死亡人数的多少。贾易一计不成，又生一计。八月，贾易上书弹劾苏轼：“苏轼在苏州题诗，以奉先帝‘闻好语’，在起草吕大防的制词上写‘民亦劳止’，并且引用厉王的诗句，用来比喻熙宁年间、元丰年间的政治。而他的弟弟苏辙早年科举考试，文章错误不及格，幸而滥进，苏辙与苏轼都诽谤怨恨先帝，没有作为臣子应有的言行。”贾易把苏轼、苏辙比喻成李林甫、杨国忠一样的奸臣。贾易又上了其他弹劾苏轼的奏书。宰相、副宰相们向太皇太后、宋哲宗上奏，具体陈述贾易前后不同的上书内容，退朝商议后，又上奏说：“我们都知道贾易被王安礼所赏识，王安礼向朝廷推荐了贾易，此人是王安石一党的。王安石一党，很多都是江、淮一带的人，贾易也是江、淮一带的，他上奏的目的不一定是想动摇朝廷根本，只是故意以阴谋诡计弹劾苏轼为王安石一党的人泄愤。”于是，朝廷下诏书把贾易贬出京城，任庐州知州。
翰林学士承旨苏轼被侍御史贾易诬陷诋毁，又被御史中丞赵君锡等人相继诋毁，并且弹劾。过了几日，苏轼入朝觐见太皇太后与宋哲宗，为自己被弹劾一事进行辩护，且请求外任当官避祸。于是，朝廷罢免了苏轼翰林学士承旨一职，并任命苏轼为龙图阁学士一职，任颍州知州。龙图阁设学士、直学士、侍制等官。龙图阁学士是殿阁之一的“一把手”，虽没有翰林学士承旨显贵，但仍是一个重要官职。宋朝的殿阁有：观文殿、资政殿、端明殿，总阁、龙图阁、天章阁、宝文阁、显谟阁，后来又增加了徽猷阁、敷文阁、焕章阁、华文阁、宝谟阁、宝章阁、显文阁，另外还有集英殿、右文殿、秘阁、直龙图阁、直天章阁、直显文阁、直秘阁。殿阁学士还是以观文殿、资政殿、端明殿、总阁、龙图阁、天章阁、宝文阁、显谟阁为尊。阁官以学士排第一、直学士排第二、侍制排第三。由于御史中丞赵君锡附和贾易诬陷诽谤并弹劾苏轼，被罢免了御史中丞这一御史台长官职务，贬为吏部侍郎，准备安排赵君锡出任郑州知州。
元祐七年三月，朝廷任命程颐为直秘阁、判西京国子监，初，程颐在经筵，成为程颐的学生很多，而苏轼在翰林，很多知识分子官员依附苏轼的比较多。程颐与苏轼两人不和，相互攻击诋毁，程颐被罢免了经筵方面的职务。四月，范祖禹上奏说：“程颐学问、品行，天下人都知道，司马光、吕公著与程颐相知二十多年，然后向朝廷举荐程颐。程颐是出身平民的人，没有习惯朝廷的那一套，迂远疏阔不合时宜是固有的。有人说程颐想以故旧的身份倾轧大臣，以自己的个性与情绪去役使台谏官员，这些言论都是诬蔑他的，不是实事求是的做法。如若让程颐官复原职为皇帝讲课，对皇帝与国家是有益处的。”范祖禹又说，王存、苏轼、赵彦若、郑雍、孔武仲、吕希哲、吕大临、吴师仁等人都可以重用。吕希哲是吕公著的儿子，吕大临是吕大防的弟弟。六月，朝廷下诏书：“准南东、西、两浙各路拖欠赋税，不问新债还是旧债，不管有没有官府的本金，暂停催促收理一年。”这道诏书是采纳了扬州知州苏轼的建议。苏轼任颍州知州后又改任扬州知州。七月，朝廷委任龙图阁学士、扬州知州苏轼为兵部尚书。八月，又任命龙图阁学士、兵部尚书苏轼兼翰林院侍读。
元祐七年，宋哲宗赵煦亲自到南郊祭祀，兵部尚书苏轼为卤簿使，导驾进入太庙。有赭伞犊车并青盖犊车十余辆争道，这些争道的车辆没有避让皇帝的仪仗。苏轼使御营巡检使去调查原因，原来是皇后孟氏及大长公主的车队。当时，御史中丞李之纯是皇家仪仗使。苏轼对李之纯说：“御史中丞的职责是整肃政纪，不可以不向皇帝上奏此事。”因为违纪的是皇后与大长公主，李之纯怕得罪皇后与大长公主，不敢向宋哲宗上奏此事。苏轼向坐在皇家马车的宋哲宗上奏此事，宋哲宗把苏轼的奏书赶快派人送给太皇太后处理。第二天，朝廷下诏书整肃仪仗队伍，从皇后而下都不许迎接谒见。不久，兵部尚书苏轼改任为礼部尚书，并且是端明殿学士、翰林院侍读学士。
元祐八年二月，高丽国派遣使者向北宋朝购买中国历代史书，如《史记》、《汉书》、《后汉书》、《三国志》、《晋书》、《隋书》、《旧唐书》、《新唐书》等史书，还要购买《册府元龟》等书。礼部尚书苏轼反对让高丽购书，他说不宜同意高丽国的请求。尚书省的大臣们同意让高丽购买这些书。苏轼上奏陈述让高丽购买这些书的五个害处，坚持认为不可以，他说：“西汉朝东平王刘宇曾向朝廷上奏请求赠送诸子百家的书籍与《太史公书》，汉成帝刘骜听取了大将军王凤的建议，没有把诸子百家的书籍与《太史公书》赠送给东平王刘宇，今天高丽要求购书，已经超过了东平王刘宇的请求，怎么可以允许高丽购书?”刘宇是汉宣帝刘询第四子，汉元帝刘奭异母弟，汉成帝刘骜的叔叔。朝廷没有听从苏轼的意见。
都水监上奏请求建筑北流的软堰。软堰是用粗茭细石筑成的一种挡水建筑物。苏轼、苏辙两兄弟上奏反对北流建软堰。他们说：“我认为不能在北流建软堰，这其中的利害关系很明显。如今北流是黄河的主流，比东流大得很。观察到现在河水流个不停，软堰怎么建设?依都水监的意思是想建设软堰为名，实则破堰，且是暗中强行引导黄河回到故道的计谋而已。”河北转运副使赵偊上奏说：“我认为黄河的事情利害有三个方面，黄河向北流，忧患河水不能分流；黄河向东流，忧患水不能流动；宗城河决口，忧患水不能闭塞。这三个方面，能去掉所忧患之处的就能成为水利，不能去掉所忧患之处的就会成为水害。现在我们不谋求解决水患而专门议论堵塞北流，只知道短时间堵塞北流的利益，而不知将来堵塞带来的隐患。只知道北流有伏槽之水容易修改，而不知道阚村涨水的势头不可能并入东流。这是见近忘远，把修改河道当成儿戏。请等待涨水时伏槽，观察黄河全盛之势，再治理黄河东流、北流。”由于苏轼、苏辙、赵偊都上书批评建软堰，所以朝廷下诏书停止了北流修软堰的工程。
这个月，朝廷委任崇政殿说书吕希哲为右司谏，吕希哲坚持辞掉右司谏的官职。苏轼对吕希哲开玩笑说：“主持佛法讲席的高僧太多了。我要听掌握了‘第一义’的高僧的宣讲。”吕希哲微笑着没有回应苏轼，退朝后，对范祖禹说：“如果辞右司谏的官辞不掉，应该任命杨畏为第一官员。”当时，杨畏任谏官，以阴险狡诈自任。因吕希哲这样说，朝廷就没有任命他为右司谏。吕希哲辞官的目的是不愿与杨畏这样的谏官为伍。
三月，御史董敦逸弹劾苏轼、苏辙说：“上奏官职任命的，只有苏轼的最多，或是苏轼的亲信、知己，或者他的老乡，退休的官员中有心中不平的叹气。近来高丽国来我朝买书、黄河建筑软堰的国事，本来政府机构已经得到朝廷的命令将要实行时，都是因为苏轼、苏辙的反对而停止了。我听说皇帝是做国家决策的人，而臣子们是皇帝命令执行的人，重视皇帝的命令则君主尊贵，轻视皇帝的命令则大臣强悍。如今陛下已经下达了需要执行的命令，因苏轼、苏辙反对而拒绝执行，说他们的犯法罪状，不是苏颂、范百禄可以相比的，开释他们不治他们的罪，皇帝的命令就会受人轻视。乞求决断是来自帝王的心意，并且按照诏敕和命令来实行。”
五月，苏轼同吕希哲、吴安诗、丰稷、赵彦若、范祖禹、顾临一起把唐宰相陆贽的《奏议》整理校正抄写向皇帝进呈。陆贽，字敬舆，今浙江嘉兴人，唐朝著名政治家、文学家、政论家。陆贽为中唐贤相，他的学养才能、品德风范，深得当时及后世称赞，长沙王太傅贾谊与礼部尚书苏轼称赞其有“王佐”、“帝师”的才能，在文辩智术上要超过张良。他的奏疏写得好，多用排偶，条理精密，文笔流畅。所以，北宋朝以苏轼为首的文人把陆贽的奏疏文章整理成书进献给皇帝。
御史董敦逸、黄庆基被免去了御史职务。原因是董敦逸四次弹劾苏辙，黄庆基三次弹劾苏轼。罪名是苏轼过去任职中书舍人时，所作的制词指责先帝，而苏辙与苏轼相互配合，共为一体，搞乱朝政。三省（尚书省、中书省、门下省）一同进呈，吕大防上奏替苏轼辩护说：“董敦逸、黄庆基弹劾苏轼的制词诽谤、诋毁先帝，我窃观先帝的圣明意图是想富国强兵用以鞭挞四方边远地区的人，而当时大臣附和先帝太过，事情有失妥当之处。现太皇太后与皇帝管理国政，根据国民的需求，随时救助与改正，事理应当这样。汉武帝刘彻好用兵发动战争，重税赋伤民，汉昭帝刘弗陵即位后，采纳众议，从善如流，汉武帝任内的一些政策汉昭帝停止延续了；汉明帝刘庄注重调查，多次兴残酷的刑狱，汉章帝刘炟改变了汉明帝时兴刑狱的政策，待民宽厚，天下人都心悦诚服，没有人认为这是在诽谤、诋毁先帝。本朝宋真宗即位后，解除了老百姓拖欠的政府债务让人民有更多的钱财；宋仁宗即位后，停止修宫殿寺观节省国家财力；也没有听说当时百官认为这是在诽谤、诋毁先帝。自元祐年以来，御史、监察官、谏官有所弹劾攻击，多数是以对方诽谤、诋毁先帝为借口，他们并不是为了中伤善良的人，而是想动摇朝廷的根本，意图非常险恶。如果不下禁令禁止他们，时间久了就会成为我朝的大祸患。”宰相苏辙因此上奏说：“我昨天取了哥哥苏轼撰写吕惠卿的制词仔细阅读了一下，文字提及先帝的是这句：‘始以帝尧之仁，姑试伯鲧，终焉孔子之圣，,不信宰予。’我哥苏轼怎么会诽谤、诋毁先帝?我听说先帝末年，也很后悔所做的事情，但没有时间改正过来。元祐后改变以前的政策，都在追述先帝的美意而已。”太皇太后说：“先帝后悔过去所做的事，以至于流泪。”吕大防说：“听说永乐城战役大败后，先帝经常责备两府的大臣们没有一个人对他进行劝说进谏的，然而这只是一时的过错，并不是出自先帝的本意。”太皇太后说：“皇帝应当深知这个事。”于是朝廷贬斥御史董敦逸为湖北转运判官、黄庆基为福建转运判官。御史中丞李之纯、御史杨畏、来之邵弹劾董敦逸、黄庆基诬陷忠良，责罚得太轻。过了几天，朝廷下诏书命令董敦逸、黄庆基两人为知军差遣，董敦逸知临江军、黄庆基知南康军。
由于御史董敦逸、黄庆基诬陷苏轼诽谤先帝，苏轼上书为自己辩护，他说：“我任中书舍人时，正值是朝廷流放一些受处分官员时候，所写的诉状，都是元降词头所叙述的罪状，不是我个人意思所敢增加与减少的。关于吕惠卿的诉状，事情涉及先朝，不能没有禁忌的地方。我愚蠢的想法是古代鲧是尧帝的大臣不损害尧帝的仁义，宰予是孔子的学生不损害孔子的圣德。又何况吕惠卿被降级外放与罢免，非常厌恶其人，都是先朝的意思，我的区区忠心，没有背负先朝。现在黄庆基反诬我诽谤先帝，不觉得矫枉过正，矫诬过甚吗?其余所说的李之纯、苏颂、刘谊、唐义问等人的诉状，都是黄庆基牵强附会想要治我的罪。诬陷我诽谤先帝，开始于朱光庭，推向高潮的是赵挺之，走向极端的是贾易，如今黄庆基拜他们为师又用这个罪名来诬陷我。我担忧这暗害、中伤的害人的方法，刚露头的不好事物不能容许其发展滋长，这不是我一个人的事情。”太皇太后命令苏辙写了一道谕旨：“因为近来大家正相拾取，且必须减少事务。”这谕旨的意思是告诫群臣不要多事。苏轼上了一道致谢的札子说：“过去东汉孔融才干有限而抱负很大，因此遭受了路粹等人构陷被诛杀的冤屈；西晋嵇康，天资高，但见识少，因为他对司马氏采取不合作态度，对想结交他的钟会冷遇，为友人吕安辩护，因此被钟会进谗言遇害。我没有孔融、嵇康这两人的长处却兼有古人的短处。如果不是陛下以公心行宽恕之道，至仁而普照天下，不然，我就会跟随孔融、嵇康在黄泉地下同游了，还有我的今天吗?”
元祐八年六月，礼部尚书苏轼乞求外任当越州知州，朝廷下诏书不同意。太皇太后去世，宋哲宗亲政后并不信任苏轼，并且对太皇太后提拔的大臣有厌弃之心，所以，苏轼感觉苗头不对，又想离开京城到地方任职避祸。九月，太皇太后高氏去世，她去世后，苏轼失去的靠山。端明殿学士兼翰林院侍读学士、礼部尚书苏试离京外任为定州知州。十二月，苏轼赴定州就职。因宋哲宗亲政，国事将变，苏轼不能入朝中向皇帝辞行，在将要起程时，苏轼上奏说：“我经常侍候陛下，现在去边关定州，顾不上见皇帝一面而行。何况我是被陛下疏远的小臣，想要门路，很难。然而我不敢以不能与陛下见面谈话的原因而不效愚忠。古代的圣人有作为的，必先处晦观明、处静观动，则万事万物的情况能够了解。陛下圣明与智慧高于常人，正当壮年，我愿虚心依照道理或遵循规律，一切没有所为，默观国家大事之利害与群臣之正邪，以三年为期限，等到其实情，然后有所作为，使政策实施后，天下没有怨恨之意，陛下也不会后悔。陛下的作为，只担忧太早，不担忧太迟，就是个明君了。我害怕提拔好利之臣，劝说陛下改变制度，所以进呈此说，希望陛下留神、留意，这是社稷宗庙的福气，天下的幸事。”
绍圣元年四月，御史台的官员上奏说苏轼写吕惠卿的制词，讥讽、讥笑先帝，朝廷下诏书对苏轼给予降职处分，任英州知州。朝廷以工部侍郎李之纯降级任宝文阁待制、单州知州，他受到处分是因为御史刘拯弹劾他在任职御史中丞时阿附苏轼的缘故。接着，朝廷处分杭州通判秦观，降职为处州茶盐酒税监，也是因为御史刘拯弹劾其依附苏轼，并且增损《神宗实录》内容的缘故。六月，来之邵等人弹劾英州知州苏轼诋毁、批评先帝，降级苏轼为宁远军节度副使，惠州安置。
绍圣四年二月，朝廷下诏书再次处分苏轼等人。宁远军节度副使、惠州安置苏轼，降级任职为琼州别驾，移送昌化军安置；贺州安置范祖禹，移送宾州；英州安置刘安世，移送高州。“某州安置”是宋朝的安置刑，宋时官吏被贬谪，轻者称送某州居住，稍重者称安置，更重者称编管。宋朝的安置刑分为四种：追官勒停安置、分司安置、叙复安置、夺官安置。宋朝的安置刑相当于流放、贬谪、徙，安置是针对侍从以上的高级官员的处罚办法，安置的官员不除名，而是责授司马、参军、别驾、节度团练副使等不厘务散官。别驾从事史，官名，亦称别驾从事，简称“别驾”，宋朝的别驾，相当于州通判。这时的苏轼已被朝廷处罚到今海南岛海口市当官。苏轼到任后，居住在官衙里，有关部门认为不可以居住官衙，于是苏轼在当地买地建筑房屋，当地海南岛居民帮助他建房屋。苏轼与三儿子苏过在海南岛生活，著书写作为自己的兴趣爱好，准备这样过一辈子。
宋哲宗去世后，宋徽宗赵佶即位，苏轼移居廉州，改任舒州团练副使，徙永州居住。经历过三次大赦，遂提举玉局观、复职为朝奉郎。苏轼自从元祐起，从未因每年的考核官绩优异而乞求朝廷给予晋升，最后的官职是正七品的朝奉郎就到顶了。
崇宁元年八月，朝廷下诏书：“司马光、吕公著、王岩叟、朱光庭、吕大防、刘安世、刘挚、苏轼、梁焘、李周、范纯仁、范祖禹、汪衍、汤戫、李清臣、丰稷、邹浩、张舜民的子弟，不得在京城当官。”崇宁二年四月，朝廷下诏书：“苏洵、苏轼、苏辙、黄庭坚、张耒、晁补之、秦观、马涓《文集》，范祖禹《唐鉴》，范镇《东斋记事》，刘攽《诗话》，僧文莹《湘山野录》等书籍印刷印板，全部烧毁。”建中靖国元年，苏轼在常州去世，享年六十六岁。
苏轼与弟弟苏辙，以父亲苏洵为老师搞文学，他有文学天赋。苏轼经常说：“写文章如行云流水一般，没有一定的格式，该说的地方要说，该停的地方要停。”苏轼嬉笑怒骂的言辞，都可以写下来诵读。其文体浑涵光芒，雄视百代，自从有文章以来，这种情况是少见的。苏洵晚年读《周易》，写作《易传》未完成，叫苏轼完成他的遗愿。苏轼写成《易传》，复作《论语说》，后来流放在海南岛居住，著作了《书传》，他的作品有《东坡集》四十卷、《后集》三十卷、《奏议》十五卷、《内制》十卷、《外制》三卷、《和陶诗》四卷。当时的文人如黄庭坚、晁补之、秦观、张耒、陈师道，还不被世人所知，苏轼对朋友一样对待他们，从来不曾以老师的地位自居。
自从苏轼中举为官后，以忠君为根本，忠心规劝君主，正直有大节，群臣没有超过他的，因品德与才华被小人所忌恨，不能容他在朝廷之中，不能容他在皇帝身边。宋高宗赵构即位后，追赠苏轼为资政殿学士，委任他的孙子苏符为礼部尚书。又把苏轼的文章放在身边，阅读起来忘记了疲倦，说苏轼的文章达到了最高境界，并且写了集赞，赏赐给了他的曾孙苏峤。追崇苏轼赠官太师，谥号为“文忠”。苏轼有三个儿子，大儿子苏迈，官至驾部员外郎；二儿子苏迨，官至承务郎；三儿子苏过，官至权通判中山府。清代文学家，官至刑部尚书的王士祯对苏轼的评价：汉魏以来，二千余年间，以诗名其家者众矣。顾所号为仙才者，唯曹子建、李太白、苏子瞻三人而已。清代名臣曾国藩对苏轼的评价：古人称立德、立功、立言为三不朽。立德最难，自周汉以后，罕见德传者。立功如萧、曹、房、杜、郭、李、韩、岳，立言如马、班、韩、欧、李、杜、苏、黄，古今曾有几人？
